二十多年后，各界卫的儿子卫斯理（钱嘉乐饰）辗转来到美国洛杉矶，凭借过人才智制造电脑病毒，引起巨大混乱。

齐参杨天淳与辛若兰看戏回来之时发现有父母在苦寻自己失踪的子女。原来京城突然发生儿童失踪案，共园周因为失踪的八个孩子都是富商子女，京城衙门最初以为是常见的绑架案，一直月余也不见绑匪前来索要赎金。

护校铁猴子成功解救了众幼童。杨天淳通过与忍者交手并结合在京城搜集到的证据，边环确认了京城绑架案亦是忍者所为。杨天淳一行人为了引蛇出洞，各界回到了京城，各界纳兰索图告诉他们从日本派来了一位专门对抗忍者的武士——河上彦斋，杨天淳与河上彦斋碰面之后，河上彦斋仔细的告诉杨天淳关于日本忍者的武艺、修习、历史、所擅长的一切，并给杨天淳看了集忍术大成的秘籍《万川集海》，德川幕府曾惧怕忍者，而武士们不齿忍者下三滥、不荣誉的所为，德川幕府下令剿灭伊贺忍者集团，而河上彦斋就是杀死这些女忍者丈夫的人。

这些忍者都是被德川幕府剿灭的伊贺流忍者的遗孀，齐参为了向德川幕府复仇证明忍者们的价值，齐参来到中国寻根问祖的，而当年传下忍术的即是龙山寺东渡日本的被伊贺忍者奉为祖师的暗夜修罗，她们通过祖先及忍者头目雾隠才蔵告诉她们的传说，希望通过传说抓取童男童女来炼成传说中的式神，现在她们就差杨天淳的血液。日蚀过去，共园周传说中的式神终究没有出现，共园周若兰赶来救下了铁猴子，在杨天淳和辛若兰的解密之下世间根本没有式神这种怪力乱神的东西，复兴伊贺的梦想破碎了的忍者们被铁猴子打败。

当线索陷入困局之时，护校蒋子娇突然来到百草堂告诉杨天淳一个噩耗。

弄清一切之后，边环杨天淳、边环河上彦斋等人迎战追踪而来的忍者众，在一片混战之中，铁猴子杨天淳准备变身对敌之时，河上彦斋竟然反身攻击铁猴子，把其制住逼入绝境，没想到河上彦斋就是末代伊贺流忍者雾隠才蔵。小玮通过网络连接的方式进入昏迷者易田的梦境，各界随后捣蛋的余警官也偷偷尾随而来，各界两人在这个奇怪的世界跌跌撞撞，搞笑百出，也危险重重，两人配合警探父亲，终于找到真凶竟然就是实验室的研究员，至此故事告一段落。

这天，齐参一个便衣警探余警官找到研究所，要求小玮使用零接触的技术帮他侦破一个极为棘手的案件。小玮觉得这案件跟母亲的昏迷案件有关，共园周尽管知道危险，还是不听父亲的阻止，接受这个任务了

面对非法武装的猛烈进攻，护校无数队友倒在了地上。非法武装调整之后，边环直接冲向王老板所在的工厂，陆航等人为保护工厂平民，再次与非法武装发生冲突